Los inicios de esta institución, Alma Mater y cuna de líderes de la localidad, se remonta a los años 1950-1951, cuando un profesor de apellido Marticorena, comienza a hacer funcionar una escuela de “ segundo grado” que así se llamó por aquel entonces, teniendo como lugar de funcionamiento al barrio de “San Juan Bautista”, Malecón Romero. Posteriormente pasa a funcionar en el local de la Prefectura de Huamanga (actual ubicación), siempre a cargo del profesor Marticorena, por lo que la escuela es reconocida con ese nombre.
Años más tarde con el Ministro de Educación el señor Alfredo Parra Carreño, se gestiona la actual infraestructura y se le denomina Escuela de Aplicación N° 625, ya a cargo el profesor Isaías Parra Rondinel, siendo conocida como “Chuto Poma”. Funcionó así hasta 1965, fecha en la que pasa a ser Instituto Experimental N° 15, como Centro de Investigación Pedagógica de la U.N.S.C.H. hasta el año 1970.
Con la aplicación de la Reforma Educativa de Juan Velasco Alvarado, pasa a denominársele C.E. N° 38001 y se le concede el nombre de “Gustavo Castro Pantoja” por ley del Congreso N° 15967 del 29 de diciembre de 1965, en honor al profesor José Gustavo Castro Pantoja quien fue un distinguido maestro ayacuchano que laboró notablemente más de 43 años y obtuvo las Palmas Magisteriales.
Años más tarde por demanda educativa se fusiona con la Escuela de Mujeres N°612, entre los años 1970 a 1971, funcionando así los turnos mañana, tarde y noche (adultos). Según la R.M.N° 10002 del 30 de marzo de 1971.
Cabe indicar que por problemas en su local el Colegio “San Ramón” funcionó también en este local entre 1973 a 1975, en forma provisional mientras se concluían los trabajos de construcción de su actual local.
El aniversario de la institución, por motivos de fiesta patronal se celebra el 30 de agosto en honor a Santa Rosa de Lima, su Patrona.